Sea Bubble Pirates is een bellenblaasspel met een piratenavonturenthema. Van level naar level over een kronkelend pad in een zandlandschap vol begraven schatten en zeemonsters, helpt de speler piraten met het knallen van halfdoorzichtige bellen om gigantische gouden munten, punten, sterren en andere beloningen te verzamelen.
Het spel verdeelt de buit van de piraten over de bubbels die in rijen met patronen op een speelveld in de buurt van een piratenschip en de oceaan hangen. De speler gebruikt een zwart scheepskanon als schutter. Ze kunnen alleen bellen laten knappen in clusters van drie die bestaan uit ten minste twee bijpassende gelinkte bellen op het veld en een bijpassend projectiel. Het kanon heeft een roodgestreepte miklijn met een X die de plek markeert en verwisselbare projectielen. Het hoofdprojectiel rust in het kanon en het tweede projectiel bevindt zich rechtsonder het kanon. De speler kan de projectielen verwisselen door het tweede projectiel te selecteren.
Sea Bubble Pirates geeft de speler een krachtige zwarte bom met een doodshoofd als hij vijf keer achter elkaar clusters laat knallen. De speler gebruikt deze wapens samen met verschillende schietstrategieën om bijna elke keer clusters te maken. Ze schieten bijvoorbeeld soms op de zijmuren van het veld om projectielen zo te richten dat ze hogere clusters raken en zo sneller meer bubbels laten knappen. Als de speler snel en nauwkeurig genoeg schiet, ontvangt hij ook drie sterren als beloning voor de vaardigheid in elk level.
