Sea Bubble Pirates es un juego de explotar burbujas con temática de aventura pirata. De nivel en nivel por un camino sinuoso en un paisaje barrido por la arena lleno de tesoros enterrados y monstruos marinos, el jugador ayuda a los piratas a reventar burbujas semitranslúcidas para recoger monedas de oro gigantes, puntos, estrellas y otras recompensas.
El juego dispersa el botín de los piratas entre las burbujas que cuelgan en filas estampadas en un campo de juego cerca de un barco pirata y del océano. El jugador utiliza un cañón de barco negro como tirador. Sólo puede explotar burbujas en grupos de tres que incluyan al menos dos burbujas enlazadas iguales en el campo y un proyectil igual. El cañón cuenta con una línea de puntería de trazos rojos con una X marcando el punto y proyectiles intercambiables. El proyectil principal descansa en el cañón, y el secundario está en la parte inferior derecha del cañón. El jugador puede intercambiar los proyectiles seleccionando el secundario.
Sea Bubble Pirates proporciona al jugador una poderosa bomba negra marcada con una calavera siempre que haga estallar racimos cinco veces seguidas. El jugador utiliza estas armas junto con diversas estrategias de disparo para crear racimos casi siempre. Por ejemplo, a veces dispara a las paredes laterales del campo para que los proyectiles alcancen los racimos más altos y exploten más burbujas más rápido. Si el jugador dispara con suficiente rapidez y precisión, también recibe tres estrellas como recompensa por cada nivel.
