Endless Bubbles adalah penembak gelembung. Dengan latar belakang invasi alien di seluruh kota pada malam hari, pemain berusaha mendapatkan skor tertinggi dengan menembakkan proyektil untuk meletuskan kelompok yang terdiri atas tiga atau lebih gelembung yang saling terhubung dan cocok. Sesuai dengan nama permainannya, ini adalah pengalaman yang tak ada habisnya kecuali jika pemain membiarkan gelembung-gelembung tersebut meluncur ke bawah lapangan permainan hingga satu gelembung berada di bawah ketinggian gelembung proyektil atau berhenti bermain.
Pemain tidak menggunakan panah, meriam, cincin, atau penembak klasik serupa atau sistem yang memungkinkan mereka untuk mengisi daya atau menukar proyektil. Sebagai gantinya, mereka menerima proyektil di tepi bawah lapangan di tengah dan pratinjau tiga proyektil berikutnya yang tersedia di bawah lapangan. Permainan ini juga membuat lampu sorot buram yang meruncing ke suatu titik yang tersedia sebagai opsi penargetan. Ketika pemain berhasil menggunakan proyektil untuk membuat cluster, gelembung akan meletus dan melepaskan titik yang mengalir ke area tengah atas di atas lapangan.
Endless Bubbles memiliki sistem free pass, yang berarti memungkinkan pemain gagal meletuskan gelembung secara bebas tanpa penalti hingga lima kali. Tidak seperti game yang menggunakan hilangnya bola berwarna abu-abu atau abu-abu perak untuk menandai operan ini, game ini menampilkan ikon energi petir dan angka yang berkurang setiap saat. Ketika pemain akhirnya menerima penalti, deretan gelembung baru mengalir ke layar dan permainan memberi mereka lebih banyak operan.