Endless Bubbles is een bubbelshooter. Tegen de achtergrond van een nachtelijke invasie van buitenaardse wezens probeert de speler de hoogste score ooit te behalen door projectielen af te schieten om clusters van drie of meer met elkaar verbonden, bij elkaar horende bellen te laten knappen. Zoals de naam van het spel al zegt, is het een eindeloze ervaring, tenzij de speler de bubbels over het speelveld laat glijden totdat er een onder de hoogte van de projectielbel zakt of gewoon voor vandaag stopt.
De speler gebruikt geen pijl, kanon, ring of soortgelijke klassieke shooter of een systeem waarmee hij projectielen kan opladen of verwisselen. In plaats daarvan krijgen ze een projectiel aan de onderkant van het veld in het midden en voorvertoningen van de volgende drie beschikbare projectielen onder het veld. De game maakt ook een mat zoeklicht dat taps toeloopt naar een punt beschikbaar als richtoptie. Als de speler het projectiel met succes gebruikt om een cluster te maken, knappen de bubbels en komen er punten vrij die naar een hoger gelegen gebied boven het veld stromen.
Endless Bubbles heeft een gratis passysteem, wat betekent dat de speler maximaal vijf keer zonder straf kan falen om bubbels te laten knappen. In tegenstelling tot spellen die het verdwijnen van grijze of zilvergrijze ballen gebruiken om deze passen aan te geven, heeft dit spel een energiepictogram met een bliksemschicht en een getal dat elke keer lager wordt. Als de speler uiteindelijk een penalty krijgt, stroomt er een nieuwe rij bellen op het scherm en geeft het spel hem meer passen.
