Endless Bubbles to strzelanka bąbelkowa. Na tle nocnej inwazji kosmitów na całe miasto, gracz próbuje zdobyć najwyższy wynik w historii, strzelając pociskami, aby rozbić skupiska trzech lub więcej połączonych, pasujących do siebie bąbelków. Jak sama nazwa gry wskazuje, jest to niekończące się doświadczenie, chyba że gracz pozwoli bąbelkom zsunąć się w dół pola gry, aż jeden z nich spadnie poniżej wysokości bańki pocisku lub po prostu zrezygnuje na cały dzień.
Gracz nie używa strzał, armat, pierścieni ani podobnych klasycznych strzelanek, ani systemu, który pozwala mu ładować lub wymieniać pociski. Zamiast tego otrzymuje pocisk na dolnej krawędzi pola w centrum i podgląd kolejnych trzech dostępnych pocisków pod polem. Gra udostępnia również oszroniony reflektor, który zwęża się do punktu jako opcję celowania. Gdy gracz pomyślnie użyje pocisku do utworzenia klastra, bąbelki pękają i uwalniają punkty, które przepływają do górnego środkowego obszaru nad polem.
Endless Bubbles posiada system swobodnego przechodzenia, co oznacza, że pozwala graczowi do pięciu razy na nieudane swobodne pękanie bąbelków bez kary. W przeciwieństwie do gier, które wykorzystują znikanie szarych lub srebrnoszarych kulek do oznaczania tych przejść, ta gra zawiera ikonę energii błyskawicy i liczbę, która zmniejsza się za każdym razem. Gdy gracz w końcu otrzyma karę, na ekranie pojawia się nowy rząd bąbelków, a gra daje mu więcej przepustek.
