Sea Bubble Shooter to gra polegająca na puszczaniu baniek. W głębokim, podwodnym mieście gracz wyskakuje bąbelki, które pojawiają się we wzorach wokół sześciokąta ozdobionego gwiazdami na środku pola gry. Gracz usuwa bąbelki, strzelając pociskami w dwa lub więcej identycznych sąsiadujących bąbelków. Gracz może również oczyścić pole z bąbelków, uderzając w sześciokąt pojedynczym pociskiem.
Gdy gracz strzela bąbelkami we wzór wokół sześciokąta, cały wzór obraca się. Gracz może być zmuszony do przewidywania kierunku obrotu. Gracz może dokładniej celować i oddawać strzały, korzystając z rozciągliwej białej linii celowniczej, którą przeciąga z obszaru pocisku pod polem gry do określonej bańki lub innego miejsca. Mogą również szybko usuwać bąbelki za pomocą czterech dopalaczy w prawym dolnym rogu.
Jeśli graczowi nie uda się zbić bąbelków określoną liczbę razy, nowe bąbelki tworzą się i rozszerzają w pustych losowych miejscach w obrębie wzoru. Gracz traci również możliwość zdobycia wszystkich gwiazdek osiągnięć, którymi nagradza go gra.
Sea Bubble Shooter daje graczowi wszystkie trzy gwiazdki tylko wtedy, gdy osiąga on bardzo dobre wyniki. Gra nagradza ich również walutą. Po zdobyciu określonej liczby gwiazdek można odblokować nowe środowiska gry. Walutę można wykorzystać do zakupu dodatkowych dopalaczy.
