O Sea Bubble Shooter é um jogo de rebentar bolhas. Numa cidade subaquática profunda, o jogador rebenta bolhas que aparecem em padrões à volta de um hexágono decorado com estrelas no centro do campo de jogo. O jogador remove as bolhas disparando projécteis contra duas ou mais bolhas idênticas adjacentes. Também podem limpar o campo de bolhas atingindo o hexágono com um único projétil.
Quando o jogador dispara bolhas num padrão à volta do hexágono, todo o padrão roda. O jogador pode ter de antecipar a direção da rotação. O jogador pode fazer pontaria e disparos mais precisos usando uma linha de mira branca extensível que puxa da área do projétil por baixo do campo de jogo para uma bolha específica ou outro local. Também podem remover bolhas rapidamente usando quatro boosters perto do canto inferior direito.
Se o jogador não conseguir rebentar as bolhas um determinado número de vezes, formam-se novas bolhas e expandem-se em espaços vazios aleatórios dentro do padrão. Ele também perde a oportunidade de ganhar todas as estrelas de conquista que o jogo lhe dá.
O Sea Bubble Shooter só dá as três estrelas ao jogador quando ele tem um desempenho extremamente bom. Recompensa-o também com dinheiro. Quando o jogador adquire um certo número de estrelas, pode desbloquear novos ambientes no campo de jogo. O jogador pode utilizar a moeda para comprar boosters adicionais.
