Sea Bubble Shooter is een bubbelspel. In een diepe, onderwaterstad knalt de speler bellen die in patronen verschijnen rond een met sterren versierde zeshoekige vorm in het midden van het speelveld. Ze verwijderen bubbels door projectielen af te schieten op twee of meer identieke aangrenzende bubbels. Ze kunnen het veld ook vrijmaken van bubbels door de zeshoek met één projectiel te raken.
Als de speler bubbels op een patroon rond de zeshoek schiet, draait het hele patroon. De speler moet mogelijk anticiperen op de richting van de rotatie. Ze kunnen nauwkeuriger richten en schieten door een rekbare witte miklijn te gebruiken die ze vanaf het projectielgebied onder het speelveld naar een specifieke bubbel of andere plek trekken. Ze kunnen ook snel bellen verwijderen met behulp van vier boosters in de rechterbenedenhoek.
Als de speler er niet in slaagt om een bepaald aantal bubbels te laten knappen, worden er nieuwe bubbels gevormd op lege willekeurige plekken binnen het patroon. Ze verliezen ook de kans om alle prestatiesterren te winnen die in het spel worden beloond.
Sea Bubble Shooter geeft de speler alleen alle drie de sterren als hij extreem goed presteert. Ze worden ook beloond met geld. Als ze een bepaald aantal sterren hebben, kunnen ze nieuwe speelveldomgevingen vrijspelen. Met de valuta kunnen ze extra boosters kopen.
