Treasures of the Mystic Sea ist ein zeitgesteuertes Match-3-Spiel mit Piratenthema. Das Ziel des Spielers besteht darin, alle sechseckigen Holzplättchen, auch Chips genannt, von einem Spielfeld aus hängenden blauen sechseckigen Feldern zu entfernen, die mit Gegenständen gefüllt sind, die mit dem Leben eines Piraten zu tun haben (z. B. gebogene Entermesser, Steinschlosspistolen, verschlossene Truhen, Navigation). Kompasse, einäugige Totenköpfe, Rumflaschen, Schatzkarten, weiße Würfel und Holzfässer). Wenn sie gewinnen, erhalten sie Punkte und Leistungsprämien für die Ausführung bestimmter Aufgaben, beispielsweise das Erstellen langer Schlangen und das Entfernen einer bestimmten Anzahl von Objekten desselben Typs.
Der Spieler kann die Holzspäne nur zerschlagen, indem er Reihen von drei oder mehr identischen Objekten oben auf den Stücken entfernt. Sie müssen alle Chips zerschlagen, bevor das Wasser in einem blauen vertikalen Zeitmesser auf der linken Seite des Bildschirms abläuft. Durch die Sechsecke entsteht ein Bienenstock-Layout, das statt vertikaler nur horizontale und diagonale Ausrichtungen zulässt. Wenn der Spieler eine Reihe vervollständigt, fließt eine Kaskade neuer Objekte über den Bildschirm in die Felder, die freigelegt werden, wenn die Objekte und Chips verschwinden.
Treasures of the Mystic Sea gibt dem Spieler außerdem sechs automatische Booster, wenn er ein Objekt mit einer leuchtenden Farbe darum herum ausrichtet. Diese Booster führen Austausche und Entfernungen durch. Ein Booster könnte plötzlich zufällige oder zwei Chips des gleichen Typs austauschen. Es können auch zufällige Chips, horizontale Linien, kreisförmige Flächen oder bestimmte Typen entfernt werden.
Diese Booster sind besonders hilfreich, wenn der Spieler über die Karte voranschreitet. Neue Orte bieten spannende und schwierige Herausforderungen, wie zum Beispiel Ketten und verschlossene Fesseln, die der Spieler erst entsperren muss, bevor er Ausrichtungen durchführen kann.
