Treasures of the Mystic Sea é um jogo match-3 cronometrado com tema pirata. O objetivo do jogador é remover todas as peças de madeira em forma de hexágono, também conhecidas como fichas, de um campo de jogo com espaços azuis suspensos em forma de hexágono cheios de objetos relacionados à vida de um pirata (ou seja, cutelos curvos, pistolas de pederneira, baús trancados, navegação bússolas, caveiras com um olho só, garrafas de rum, mapas do tesouro, dados brancos e barris de madeira). Ao vencerem, recebem pontos e prêmios por realização de tarefas específicas, como criar longas filas e retirar um número específico do mesmo tipo de objeto.
O jogador só pode quebrar as lascas de madeira removendo linhas de três ou mais objetos idênticos no topo das peças. Eles devem quebrar todas as fichas antes que a água em um cronômetro vertical azul no lado esquerdo da tela acabe. Os hexágonos criam um layout de colmeia que permite apenas alinhamentos horizontais e diagonais em vez de verticais. Quando o jogador completa uma linha, uma cascata de novos objetos flui pela tela até os espaços revelados quando os objetos e fichas desaparecem.
Treasures of the Mystic Sea também oferece ao jogador seis boosters automáticos sempre que ele alinha um objeto com uma cor brilhante ao seu redor. Esses boosters realizam trocas e remoções. Um booster pode trocar repentinamente fichas aleatórias ou duas do mesmo tipo. Também pode remover chips aleatórios, linhas horizontais, áreas circulares ou tipos específicos.
Esses boosters são especialmente úteis à medida que o jogador avança no mapa. Novos locais oferecem desafios emocionantes e difíceis, como correntes e algemas trancadas que o jogador deve primeiro desbloquear antes de poder realizar alinhamentos.
