Treasures of the Mystic Sea igra je spajanja tri na temu pirata. Cilj igrača je ukloniti sve drvene pločice u obliku šesterokuta, koje se također nazivaju žetoni, s igrališta visećih plavih prostora u obliku šesterokuta ispunjenih predmetima koji se odnose na gusarski život (tj. zakrivljene kose, pištolji na kremen, zaključane škrinje, navigacija šestari, jednooke lubanje, boce ruma, karte blaga, bijele kockice i drvene bačve). Kada pobijede, dobivaju bodove i nagrade za postignuća za obavljanje određenih zadataka, poput stvaranja dugih nizova i uklanjanja određenog broja predmeta iste vrste.
Igrač može razbiti iverje samo uklanjanjem linija od tri ili više identičnih predmeta na vrhu komada. Moraju razbiti sve žetone prije nego što istekne voda u plavom okomitom mjeraču vremena na lijevoj strani ekrana. Šesterokuti stvaraju izgled košnice koji dopušta samo vodoravna i dijagonalna poravnanja umjesto okomitih. Kada igrač završi liniju, kaskada novih objekata teče niz ekran u prostore koji se otkrivaju kada predmeti i žetoni nestanu.
Treasures of the Mystic Sea također daje igraču šest automatskih pojačivača kad god poravna objekt sa svijetlećom bojom oko njega. Ovi pojačivači izvode zamjene i uklanjanja. Pojačivač može iznenada zamijeniti nasumične žetone ili dva iste vrste. Također može ukloniti nasumične čipove, vodoravne linije, kružna područja ili određene vrste.
Ovi pojačivači su posebno korisni dok igrač napreduje po mapi. Nove lokacije nude uzbudljive i teške izazove, poput lanaca i zaključanih okova koje igrač prvo mora otključati prije nego što može izvršiti poravnanje.
