Treasures of the Mystic Sea to gra na czas o tematyce pirackiej typu „dopasuj 3 elementy”. Celem gracza jest usunięcie wszystkich drewnianych płytek w kształcie sześciokątów, zwanych także żetonami, z pola gry składającego się z wiszących niebieskich przestrzeni w kształcie sześciokątów wypełnionych przedmiotami związanymi z życiem pirata (tj. zakrzywionymi kordelasami, pistoletami skałkowymi, zamkniętymi skrzyniami, urządzeniami nawigacyjnymi kompasy, jednookie czaszki, butelki rumu, mapy skarbów, białe kostki i drewniane beczki). Kiedy wygrywają, otrzymują punkty i nagrody za wykonanie określonych zadań, takich jak tworzenie długich linii i usuwanie określonej liczby obiektów tego samego typu.
Gracz może rozbić zrębki jedynie poprzez usunięcie linii trzech lub więcej identycznych obiektów z wierzchu kawałków. Muszą rozbić wszystkie żetony, zanim skończy się woda na niebieskim pionowym zegarze po lewej stronie ekranu. Sześciokąty tworzą układ ula, który pozwala tylko na ułożenia poziome i ukośne zamiast pionowych. Kiedy gracz ukończy linię, kaskada nowych obiektów spływa po ekranie do przestrzeni odsłoniętych, gdy obiekty i żetony znikną.
Treasures of the Mystic Sea zapewnia również graczowi sześć automatycznych wzmocnień za każdym razem, gdy ustawi obiekt w świecącym kolorze wokół niego. Te boostery wykonują zamianę i usuwanie. Booster może nagle zamienić losowe żetony lub dwa tego samego typu. Może również usuwać losowe żetony, poziome linie, okrągłe obszary lub określone typy.
Te wzmocnienia są szczególnie przydatne, gdy gracz przemieszcza się po mapie. Nowe lokalizacje oferują ekscytujące i trudne wyzwania, takie jak łańcuchy i zamknięte kajdany, które gracz musi najpierw odblokować, zanim będzie mógł wykonać wyrównania.
