Treasures of the Mystic Sea adalah game mencocokkan 3 bertema bajak laut dengan jangka waktu. Tujuan pemain adalah untuk menghapus semua ubin kayu berbentuk segi enam, juga disebut sebagai chip, dari lapangan bermain yang terdiri dari ruang gantung berbentuk segi enam berwarna biru yang diisi dengan benda-benda yang berhubungan dengan kehidupan bajak laut (yaitu, kacamata melengkung, pistol flintlock, peti terkunci, navigasi kompas, tengkorak bermata satu, botol rum, peta harta karun, dadu putih dan tong kayu). Ketika mereka menang, mereka menerima poin dan penghargaan prestasi untuk melakukan tugas-tugas tertentu, seperti membuat antrean panjang dan menghapus sejumlah tertentu dari jenis objek yang sama.
Pemain hanya dapat memecahkan serpihan kayu dengan menghilangkan garis dari tiga atau lebih objek identik di atas potongan tersebut. Mereka harus memecahkan semua chip sebelum air dalam pengatur waktu pengukur vertikal biru di sisi kiri layar habis. Segi enam menciptakan tata letak sarang lebah yang hanya memungkinkan penyelarasan horizontal dan diagonal, bukan vertikal. Saat pemain menyelesaikan sebuah garis, rangkaian objek baru mengalir ke bawah layar ke dalam ruang yang terlihat saat objek dan chip menghilang.
Treasures of the Mystic Sea juga memberi pemain enam booster otomatis setiap kali mereka menyelaraskan objek dengan warna bersinar di sekitarnya. Booster ini melakukan pertukaran dan penghapusan. Booster mungkin tiba-tiba menukar satu atau dua chip acak dari jenis yang sama. Ini juga dapat menghilangkan chip acak, garis horizontal, area melingkar, atau tipe tertentu.
Booster ini sangat membantu saat pemain melanjutkan perjalanan melintasi peta. Lokasi baru menawarkan tantangan yang menarik dan sulit, seperti rantai dan belenggu terkunci yang harus dibuka terlebih dahulu oleh pemain sebelum dapat melakukan penyelarasan.
