Treasures of the Mystic Sea är ett tidsbestämt match-3-spel med pirat-tema. Spelarens mål är att ta bort alla hexagonformade träplattor, även kallade marker, från ett spelfält med hängande blå hexagonformade utrymmen fyllda med föremål som är relaterade till en pirats liv (t. kompasser, enögda skallar, romflaskor, skattkartor, vita tärningar och trätunnor). När de vinner får de poäng och prestationsutmärkelser för att utföra specifika uppgifter, som att skapa långa rader och ta bort ett specifikt antal av samma typ av objekt.
Spelaren kan bara bryta träflisen genom att ta bort rader med tre eller fler identiska föremål ovanpå bitarna. De måste bryta alla marker innan vattnet i en blå vertikal mätare på vänster sida av skärmen tar slut. Hexagonerna skapar en bikupalayout som endast tillåter horisontella och diagonala justeringar istället för vertikala. När spelaren slutför en rad, flödar en kaskad av nya föremål ner på skärmen till utrymmena som avslöjas när föremålen och markerna försvinner.
Treasures of the Mystic Sea ger också spelaren sex automatiska boosters när de riktar in ett objekt med en glödande färg runt det. Dessa boosters utför byten och borttagningar. En booster kan plötsligt byta ut slumpmässiga marker eller två av samma typ. Det kan också ta bort slumpmässiga marker, horisontella linjer, cirkulära områden eller specifika typer.
Dessa boosters är särskilt användbara när spelaren fortsätter över kartan. Nya platser erbjuder spännande och svåra utmaningar, som kedjor och låsta bojor som spelaren först måste låsa upp innan de kan utföra justeringar.
