Το Treasures of the Mystic Sea είναι ένα χρονομετρημένο παιχνίδι match-3 με θέμα πειρατές. Ο στόχος του παίκτη είναι να αφαιρέσει όλα τα ξύλινα πλακάκια σε σχήμα εξαγώνου, που αναφέρονται επίσης ως τσιπς, από ένα παιχνίδι με κρεμαστούς μπλε χώρους σε σχήμα εξάγωνου γεμάτους με αντικείμενα που σχετίζονται με τη ζωή ενός πειρατή (π. πυξίδες, μονόφθαλμα κρανία, μπουκάλια ρούμι, χάρτες θησαυρών, λευκά ζάρια και ξύλινα βαρέλια). Όταν κερδίζουν, λαμβάνουν πόντους και βραβεία επιτεύγματος για την εκτέλεση συγκεκριμένων εργασιών, όπως η δημιουργία μεγάλων ουρών και η αφαίρεση ενός συγκεκριμένου αριθμού αντικειμένου του ίδιου τύπου.
Ο παίκτης μπορεί να σπάσει μόνο τα ροκανίδια αφαιρώντας γραμμές από τρία ή περισσότερα πανομοιότυπα αντικείμενα πάνω από τα κομμάτια. Πρέπει να σπάσουν όλα τα τσιπ πριν τελειώσει το νερό σε ένα μπλε κατακόρυφο χρονόμετρο στην αριστερή πλευρά της οθόνης. Τα εξάγωνα δημιουργούν μια διάταξη κυψέλης που επιτρέπει μόνο οριζόντιες και διαγώνιες ευθυγραμμίσεις αντί για κάθετες. Όταν ο παίκτης ολοκληρώσει μια γραμμή, ένας καταρράκτης νέων αντικειμένων ρέει στην οθόνη στα κενά που αποκαλύπτονται όταν εξαφανίζονται τα αντικείμενα και οι μάρκες.
Το Treasures of the Mystic Sea παρέχει επίσης στον παίκτη έξι αυτόματους ενισχυτές κάθε φορά που ευθυγραμμίζει ένα αντικείμενο με ένα λαμπερό χρώμα γύρω του. Αυτοί οι ενισχυτές πραγματοποιούν εναλλαγές και αφαιρέσεις. Ένας ενισχυτής μπορεί ξαφνικά να ανταλλάξει τυχαίες μάρκες ή δύο του ίδιου τύπου. Μπορεί επίσης να αφαιρέσει τυχαίες μάρκες, οριζόντιες γραμμές, κυκλικές περιοχές ή συγκεκριμένους τύπους.
Αυτά τα ενισχυτικά είναι ιδιαίτερα χρήσιμα καθώς ο παίκτης προχωρά στον χάρτη. Οι νέες τοποθεσίες προσφέρουν συναρπαστικές και δύσκολες προκλήσεις, όπως αλυσίδες και κλειδωμένα δεσμά που πρέπει πρώτα να ξεκλειδώσει ο παίκτης για να μπορέσει να πραγματοποιήσει ευθυγραμμίσεις.
