Treasures of the Mystic Sea is een getimed match-3-spel met piratenthema. Het doel van de speler is om alle zeshoekige houten tegels, ook wel fiches genoemd, te verwijderen van een speelveld met hangende blauwe zeshoekige ruimtes gevuld met voorwerpen die verband houden met het leven van een piraat (d.w.z. gebogen zwaarden, vuursteenpistolen, gesloten kisten, navigatie-instrumenten). kompassen, eenogige schedels, rumflessen, schatkaarten, witte dobbelstenen en houten vaten). Als ze winnen, ontvangen ze punten en prestatieprijzen voor het uitvoeren van specifieke taken, zoals het creëren van lange rijen en het verwijderen van een specifiek aantal van hetzelfde type object.
De speler kan de houtsnippers alleen breken door lijnen van drie of meer identieke voorwerpen bovenop de stukken te verwijderen. Ze moeten alle spanen breken voordat het water in een blauwe verticale timer aan de linkerkant van het scherm opraakt. De zeshoeken creëren een bijenkorfindeling die alleen horizontale en diagonale uitlijningen mogelijk maakt in plaats van verticale. Wanneer de speler een rij voltooit, stroomt er een cascade van nieuwe objecten over het scherm naar de ruimtes die vrijkomen wanneer de objecten en fiches verdwijnen.
Treasures of the Mystic Sea geeft de speler ook zes automatische boosters wanneer hij een object met een gloeiende kleur eromheen uitlijnt. Deze boosters voeren swaps en verwijderingen uit. Een booster kan plotseling willekeurige fiches of twee van hetzelfde type verwisselen. Het kan ook willekeurige chips, horizontale lijnen, cirkelvormige gebieden of specifieke typen verwijderen.
Deze boosters zijn vooral handig als de speler over de kaart beweegt. Nieuwe locaties bieden spannende en moeilijke uitdagingen, zoals kettingen en vergrendelde ketenen die de speler eerst moet ontgrendelen voordat hij uitlijningen kan uitvoeren.