Bubble Fish es un juego de explotar burbujas con una temática de vida marina submarina. Sobre un fondo de agua azul llena de cangrejos, corales, algas, conchas y esponjas, el jugador completa tareas de reventar burbujas a lo largo de numerosos niveles para ganar puntos. A medida que las hileras de burbujas se deslizan rápidamente por la pantalla, deben reventar grupos de tres o más burbujas encerradas en peces o conchas o burbujas multicolores con proyectiles a juego disparados desde un lanzador de anillas metálico que cuenta con una flecha metálica en forma de punta de lanza.
El jugador completa las tareas que se muestran a la derecha del campo de juego. Normalmente, el juego requiere que recoja un número específico de ciertos tipos de burbujas u objetos. Hace que el juego sea desafiante al no revelar el proyectil hasta justo antes de un disparo. Tampoco ofrece ningún tipo de opción para apuntar. El jugador debe adivinar al apuntar con la punta de lanza.
Bubble Fish muestra la puntuación del jugador a la izquierda del campo. Cuando terminan el primer nivel, sólo reciben su puntuación. Con otros niveles, también reciben su mejor puntuación de todos los tiempos.
Si el jugador deja que las burbujas se deslicen demasiado por la pantalla, pierde la partida. Reciben la oportunidad de continuar viendo un vídeo.