Bubble Fish is een bubbelspel met een zeelevensthema onder water. Tegen een achtergrond van blauw water vol krabben, koraal, zeewier, schelpen en sponzen moet de speler in talloze levels bellenknallende opdrachten uitvoeren om punten te verdienen. Terwijl rijen bellen snel over het scherm glijden, moeten ze clusters van drie of meer met vissen of schelpen omsloten of meerkleurige bellen laten knappen met bijpassende projectielen die worden afgevuurd door een metalen ringschieter met een metalen pijl met speerpunt.
De speler voert opdrachten uit die aan de rechterkant van het speelveld worden weergegeven. Meestal moeten ze een bepaald aantal bubbels of voorwerpen verzamelen. Het spel wordt uitdagend doordat het projectiel pas vlak voor een schot wordt onthuld. Er is ook geen optie om te richten. De speler moet gokken bij het richten van de speerpunt.
Bubble Fish toont de score van de speler aan de linkerkant van het veld. Als ze het eerste level uitspelen, krijgen ze alleen hun score. Bij andere levels krijgen ze ook hun beste score aller tijden.
Als de speler de bellen te ver naar beneden laat glijden, verliest hij het spel. Ze krijgen de kans om verder te gaan door een video te bekijken.
