Bubble Fish é um jogo de rebentar bolhas com um tema de vida marinha subaquática. Num fundo de água azul repleto de caranguejos, corais, algas, conchas e esponjas, o jogador completa tarefas de rebentar bolhas em vários níveis para ganhar pontos. À medida que as filas de bolhas deslizam rapidamente pelo ecrã, o jogador tem de rebentar grupos de três ou mais bolhas fechadas por peixes ou conchas ou multicoloridas com projécteis correspondentes disparados de um disparador de anéis metálicos com uma seta com ponta de lança metálica.
O jogador completa as tarefas mostradas à direita do campo de jogo. Normalmente, o jogo exige que o jogador recolha um número específico de certos tipos de bolhas ou objectos. Torna o jogo desafiante ao não revelar o projétil até ao momento do disparo. Também não oferece qualquer tipo de opção de mira. O jogador tem de adivinhar quando aponta a ponta de lança.
Bubble Fish mostra a pontuação do jogador à esquerda do campo. Ao terminar o primeiro nível, o jogador recebe apenas a sua pontuação. Com outros níveis, ele também recebe sua melhor pontuação de todos os tempos.
Se o jogador deixar as bolhas deslizarem demasiado para baixo no ecrã, perde o jogo. O jogador tem a oportunidade de continuar, assistindo a um vídeo.