Bubble Fish to gra w zbijanie baniek z motywem podwodnego życia morskiego. Na tle błękitnej wody wypełnionej krabami, koralowcami, wodorostami, muszlami i gąbkami gracz wykonuje zadania polegające na przebijaniu bąbelków na wielu poziomach, aby zdobywać punkty. Gdy rzędy bąbelków szybko przesuwają się w dół ekranu, gracz musi rozbijać skupiska trzech lub więcej bąbelków otoczonych rybami lub muszlami lub wielokolorowych bąbelków za pomocą pasujących pocisków wystrzeliwanych z metalowej strzelanki pierścieniowej z metalową strzałą z grotem.
Gracz wykonuje zadania pokazane po prawej stronie pola gry. Zazwyczaj gra wymaga od niego zebrania określonej liczby określonych typów bąbelków lub obiektów. Gra stanowi wyzwanie, nie ujawniając pocisku przed oddaniem strzału. Gra nie oferuje również żadnej opcji celowania. Gracz musi zgadywać, kiedy celuje grotem włóczni.
Bubble Fish wyświetla wynik gracza po lewej stronie pola. Po ukończeniu pierwszego poziomu gracz otrzymuje tylko swój wynik. Na kolejnych poziomach gracz otrzymuje również swój najlepszy wynik wszech czasów.
Jeśli gracz pozwoli bąbelkom zsunąć się zbyt daleko w dół ekranu, przegrywa grę. Otrzymuje możliwość kontynuowania gry poprzez obejrzenie filmu.
