Pop Pop Kitties es un juego de explotar burbujas con temática de gatitos antropomórficos. Como en la mayoría de los juegos similares, el jugador utiliza un disparador para crear grupos de tres o más burbujas, o cabezas de gatitos, para despejar el campo de juego de todas las burbujas colgantes. A través de 110 niveles, su objetivo es ganar tres estrellas por nivel mediante la creación de estos grupos de diferentes colores y razas de gatos.
El juego proporciona al jugador un tirador básico que cuenta con una punta de flecha dorada corta y un proyectil de cabeza. Aunque existe una línea de puntería punteada, el jugador debe indicar al juego que la haga aparecer cuando la necesite. Apuntan con la punta de flecha o la línea de puntería a un grupo de dos o más cabezas conectadas que coincidan con el proyectil y luego disparan.
El jugador comienza el juego con tres estrellas en una barra de temporizador en la zona inferior derecha que disminuye rápidamente. Deben disparar a las cabezas de proyectil de gatito rápidamente para evitar la pérdida de estrellas. Cuando apuntan y disparan con precisión, las cabezas estallan en destellos de luz.
Pop Pop Kitties ofrece al jugador un potenciador que actúa como una bomba. Aparece como una estrella redonda brillante después de que el jugador reviente suficientes burbujas de cabezas.