Pop Pop Kitties to gra polegająca na puszczaniu baniek z motywem antropomorficznych kociąt. Podobnie jak w większości podobnych gier, gracz używa strzelanki do tworzenia klastrów trzech lub więcej bąbelków lub głów kociaków, aby oczyścić pole gry ze wszystkich wiszących bąbelków. Na 110 poziomach celem jest zdobycie trzech gwiazdek na poziom poprzez tworzenie klastrów różnych kolorów i ras kotów.
Gra zapewnia graczowi podstawową strzelankę z krótkim złotym grotem i pociskiem w kształcie głowy. Chociaż istnieje kropkowana linia celowania, gracz musi poprosić grę, aby pojawiła się, gdy jej potrzebuje. Gracz celuje grotem strzały lub linią celowniczą w grupę dwóch lub więcej połączonych głów, które pasują do pocisku, a następnie strzela.
Gracz rozpoczyna grę z trzema gwiazdkami na pasku czasu w prawym dolnym rogu, który szybko się zmniejsza. Gracz musi szybko strzelać do kocich głowic, aby zapobiec utracie gwiazdek. Kiedy celuje i strzela dokładnie, głowy wyskakują w błyskach światła.
Pop Pop Kitties oferuje graczowi dopalacz, który działa jak bomba. Pojawia się jako świecąca okrągła gwiazda po tym, jak gracz rozbije wystarczającą liczbę bąbelków.