Pop Pop Kitties is een bubbelspel met een antropomorf katjesthema. Net als bij de meeste soortgelijke spellen gebruikt de speler een schutter om clusters van drie of meer bubbels, of kattenkopjes, te maken om het speelveld vrij te maken van alle hangende bubbels. In 110 levels is het de bedoeling om drie sterren per level te verdienen door deze clusters van verschillende kleuren en kattenrassen te maken.
Het spel biedt de speler een basisshooter met een korte gouden pijlpunt en een hoofdprojectiel. Hoewel er een gestippelde miklijn bestaat, moet de speler het spel vragen om deze te laten verschijnen wanneer hij deze nodig heeft. De speler richt de pijlpunt of doellijn op een groep van twee of meer verbonden hoofden die overeenkomen met het projectiel en schiet.
De speler begint het spel met drie sterren op een timerbalk rechtsonder die snel afneemt. Ze moeten snel op de projectielkoppen schieten om geen sterren te verliezen. Als ze goed mikken en schieten, knallen de kopjes in lichtflitsen.
Pop Pop Kitties biedt de speler een booster die werkt als een bom. Deze verschijnt als een glanzende ronde ster nadat de speler genoeg hoofdbelletjes heeft laten knallen.
