Magic Bubbles adalah penembak gelembung yang mengharuskan pemain untuk membersihkan lapangan permainan dan melakukan tugas-tugas lain dengan meletuskan gelembung dalam jumlah gerakan yang terbatas. Di antara awan di langit di atas negeri ajaib, pemain mengikuti jalan berliku untuk mengakses banyak level permainan melalui tombol.
Di lapangan permainan, game ini menampilkan pola gantung gelembung campuran yang terlihat seperti bola. Pemain menggunakan bidikan cincin dan proyektil untuk membuat kelompok yang terdiri dari tiga atau lebih gelembung yang cocok. Ketika mereka meletuskan sebuah gugusan, mereka menerima poin dan maju untuk mendapatkan tiga bintang pencapaian untuk level dan hadiah lainnya. Level biasanya juga menampilkan tantangan yang rumit. Pemain mungkin perlu membersihkan seluruh bidang sendirian atau menargetkan dan meletuskan gelembung tertentu.
Magic Bubbles menawarkan beberapa metode bagi pemain untuk menyelesaikan tugas mereka dalam jumlah gerakan yang tertera di bagian tengah penembak cincin. Mereka dapat menukar dua proyektil yang ditampilkan pada waktu tertentu untuk meningkatkan peluang bahwa setiap tembakan yang mereka lakukan berakhir dengan cluster yang meletus. Mereka dapat menggunakan garis penargetan laser untuk menjamin tembakan langsung. Gim ini juga menawarkan beberapa penguat setelah pemain menyelesaikan sejumlah level tertentu, termasuk bom, bom laser, dan roket.
Pemain mendapatkan koin untuk melakukan pembelian yang bermanfaat. Gim ini terkadang memberi mereka hadiah berupa koin dan pemacu.
