Magic Bubbles to strzelanka z bąbelkami, która wymaga od gracza oczyszczania pól gry i wykonywania innych zadań poprzez wyskakiwanie bąbelków w ograniczonej liczbie ruchów. Wśród chmur na niebie nad magiczną krainą, gracz podąża krętą ścieżką, aby uzyskać dostęp do wielu poziomów gry za pomocą przycisków.
Na polu gry wyświetlany jest wiszący wzór mieszanych bąbelków, które wyglądają jak kule. Gracz używa pierścienia i pocisków do tworzenia klastrów składających się z trzech lub więcej pasujących do siebie bąbelków. Po zbiciu klastra gracz otrzymuje punkty i robi postępy w kierunku zdobycia trzech gwiazdek osiągnięć za poziom i innych nagród. Poziomy zazwyczaj zawierają również złożone wyzwania. Gracz może być zmuszony do oczyszczenia całego pola w pojedynkę lub do namierzenia i zbicia określonych bąbelków.
Magic Bubbles oferuje graczowi kilka sposobów na ukończenie zadania w liczbie ruchów określonej w centrum strzelanki pierścieniowej. Gracz może w dowolnym momencie zamienić dwa wyświetlane pociski, aby zwiększyć szansę na to, że każdy jego strzał zakończy się zbiciem bąbelka. Mogą też użyć laserowej linii celowniczej, aby zagwarantować bezpośrednie trafienia. Gra oferuje również kilka boosterów po ukończeniu określonej liczby poziomów, w tym bomby, bomby laserowe i rakiety.
Gracz zarabia monety na dokonywanie przydatnych zakupów. Gra czasami nagradza go monetami i dopalaczami.
