Magic Bubbles is een bubbelshooter waarin een speler speelvelden moet vrijmaken en andere taken moet uitvoeren door bubbels te laten knallen binnen een beperkt aantal bewegingen. Tussen de wolken in de lucht boven een magisch land volgt de speler een kronkelend pad om via knoppen toegang te krijgen tot de vele levels van het spel.
Op het speelveld toont het spel een hangend patroon van gemengde bubbels die eruitzien als ballen. De speler gebruikt een ring en projectielen om clusters van drie of meer dezelfde bubbels te maken. Als ze een cluster laten knappen, krijgen ze punten en kunnen ze drie prestatiesterren voor het level en andere beloningen verdienen. De levels bevatten meestal ook complexe uitdagingen. De speler moet bijvoorbeeld alleen het hele veld leegmaken of bepaalde bubbels raken en laten knappen.
Magic Bubbles biedt de speler verschillende manieren om zijn taak te voltooien binnen het aantal zetten dat in het midden van de ringshooter staat aangegeven. Ze kunnen de twee projectielen die worden weergegeven op elk moment verwisselen om de kans te vergroten dat elk schot dat ze maken eindigt met een geknald cluster. Ze kunnen een laserrichtlijn gebruiken om directe treffers te garanderen. Het spel biedt ook verschillende boosters nadat de speler een bepaald aantal levels heeft voltooid, waaronder bommen, laserbommen en raketten.
De speler verdient munten om nuttige aankopen te doen. Het spel beloont ze soms met munten en boosters.
