O Magic Bubbles é um jogo de atirar bolhas que exige que o jogador limpe os campos de jogo e execute outras tarefas rebentando bolhas num número limitado de movimentos. Entre as nuvens no céu sobre uma terra mágica, o jogador segue um caminho sinuoso para aceder aos vários níveis do jogo através de botões.
No campo de jogo, o jogo apresenta um padrão suspenso de bolhas misturadas que se parecem com bolas. O jogador utiliza um anel de disparo e projécteis para criar grupos de três ou mais bolhas iguais. Quando rebenta um grupo, recebe pontos e avança para ganhar três estrelas de conquista para o nível e outras recompensas. Normalmente, os níveis também incluem desafios complexos. O jogador pode ter de limpar todo o campo sozinho ou atingir e rebentar certas bolhas.
O Magic Bubbles oferece vários métodos para o jogador completar a sua tarefa dentro do número de movimentos indicado no centro do anel de disparo. Pode trocar os dois projécteis apresentados em qualquer altura para aumentar as hipóteses de cada disparo terminar com um aglomerado rebentado. Pode utilizar uma linha de mira laser para garantir acertos directos. O jogo também oferece vários reforços após o jogador completar um número específico de níveis, incluindo bombas, bombas laser e foguetes.
O jogador ganha moedas para fazer compras úteis. O jogo recompensa-o por vezes com moedas e reforços.
