Magic Bubbles est un jeu de tir à bulles qui demande au joueur de dégager des champs de jeu et d`effectuer d`autres tâches en faisant éclater des bulles dans un nombre limité de mouvements. Parmi les nuages dans le ciel au-dessus d`un pays magique, le joueur suit un chemin sinueux pour accéder aux nombreux niveaux du jeu à l`aide de boutons.
Sur le terrain de jeu, le jeu affiche un motif suspendu de bulles mélangées qui ressemblent à des balles. Le joueur utilise un anneau de tir et des projectiles pour créer des groupes de trois bulles correspondantes ou plus. Lorsqu`il fait éclater une grappe, il reçoit des points et progresse vers l`obtention de trois étoiles de réussite pour le niveau et d`autres récompenses. Les niveaux comportent généralement des défis complexes. Le joueur peut être amené à nettoyer tout le terrain seul ou à cibler et faire éclater certaines bulles.
Magic Bubbles propose plusieurs méthodes au joueur pour accomplir sa tâche dans le nombre de mouvements indiqué au centre de l`anneau de tir. Il peut intervertir les deux projectiles affichés à tout moment pour augmenter les chances que chaque tir se termine par l`éclatement d`une grappe. Ils peuvent utiliser une ligne de visée laser pour garantir des coups directs. Le jeu propose également plusieurs boosters après que le joueur a terminé un certain nombre de niveaux, notamment des bombes, des bombes laser et des fusées.
Le joueur gagne des pièces pour effectuer des achats utiles. Le jeu le récompense parfois avec des pièces et des boosters.