Magic Bubbles es un juego de disparar burbujas que requiere que el jugador despeje los campos de juego y realice otras tareas explotando burbujas en un número limitado de movimientos. Entre las nubes del cielo sobre una tierra mágica, el jugador sigue un camino sinuoso para acceder a los muchos niveles del juego a través de botones.
En el campo de juego, el juego muestra un patrón colgante de burbujas mezcladas que parecen bolas. El jugador utiliza un anillo disparador y proyectiles para crear grupos de tres o más burbujas iguales. Cuando explota un grupo, recibe puntos y avanza hacia la consecución de tres estrellas de logro para el nivel y otras recompensas. Los niveles también suelen presentar retos complejos. El jugador puede tener que despejar todo el campo solo o apuntar y reventar determinadas burbujas.
Magic Bubbles ofrece varios métodos para que el jugador complete su tarea dentro del número de movimientos indicados en el centro del anillo tirador. Pueden intercambiar los dos proyectiles que se muestran en cada momento para aumentar la probabilidad de que cada disparo que hagan termine con un racimo reventado. Pueden utilizar una línea de puntería láser para garantizar impactos directos. El juego también ofrece varios potenciadores después de que el jugador complete un número específico de niveles, incluyendo bombas, bombas láser y cohetes.
El jugador gana monedas para hacer compras útiles. El juego los recompensa a veces con monedas y potenciadores.
