Bubble Shooter: Story ist ein Bubble Shooter mit einem reisenden Abenteuerthema. Ein liebenswerter brauner Bär, der auf einem Heißluftballon reitet, lädt den Spieler ein, aufregende Orte auf schwebenden, inselartigen Landmassen im Himmel und im Weltraum zu besuchen. Der Spieler reist von einem Level oder einer Stufe zum nächsten, indem er bestimmte Ziele erreicht, die mit dem Abschießen von Blasen auf dem Spielfeld zusammenhängen, wie z. B. das Aufdecken von Lichtern hinter den Blasen, das Treffen von rotierenden Zielen und das Freilassen von Tieren in Blasen. Sie können Blasen nur vom Spielfeld entfernen, indem sie Gruppen aus drei passenden Blasen mit Projektilen bilden.
Das Spiel bietet stundenlangen Spielspaß in 75 Etappen. In jeder Phase schießt der Spieler mit einer silbergrauen Metallkanone, in der sich immer zwei austauschbare Projektile befinden, Blasengeschosse ab. Es gibt einen optionalen gepunkteten Linien-Booster, der dabei hilft, zusammenhängende Blasen zu Gruppen zusammenzufassen. Wenn der Spieler erfolgreich ein Ziel trifft, platzen die Blasen. Alle Blasen, die nur mit diesen Blasen verbunden sind, fallen in passende Schalen mit gelben Akzenten, die um die Kanone herum angeordnet sind. Für zusätzliche Blasen erhält der Spieler Bonuspunkte.
Bubble Shooter: Story bietet mehr als einen Booster. Der Spieler kann Bomben verwenden, um einige Blasen auszuschalten, oder Regenbogenblasen, die zu allen Blasen passen. Er kann auch fünf zusätzliche Projektile zu seinem Gesamtkontingent hinzufügen. Er kauft diese Booster mit Münzen, die er jedes Mal erhält, wenn er ein Ziel und eine Phase abschließt. Der Spieler verfolgt seine Münzen auf der linken Seite des Bildschirms. Über einen roten Fortschrittsbalken, der sich auf einer horizontalen Leiste mit drei Sternen füllt, kann der Spieler außerdem verfolgen, ob er das Ziel, drei Sterne pro Stufe zu erhalten, erreicht hat.
