Bubble Shooter: Story is een bubbelshooter met een avontuurlijk reisthema. Een schattige bruine beer in een heteluchtballon nodigt de speler uit om spannende locaties te bezoeken op zwevende, eilandachtige landmassa`s in de lucht en de ruimte. De speler reist van het ene level, of stadium, naar het andere door specifieke doelen te voltooien die te maken hebben met het schieten op bellen die op een speelveld hangen, zoals het blootleggen van lichten achter bellen, het raken van draaiende doelen en het loslaten van dieren in bellen. Ze kunnen bubbels alleen van het veld verwijderen door groepen van drie dezelfde bubbels te maken met projectielen.
Het spel biedt uren speelplezier in 75 levels. In elk level schiet de speler bubbelprojectielen af met een zilvergrijs metalen kanon dat altijd twee verwisselbare projectielen bevat. Er is een optionele booster met stippellijnen om te helpen bij het richten van verbonden bubbels om zo groepen te vormen. Als de speler een doelwit raakt, knallen de bubbels. Alle bubbels die alleen met die bubbels verbonden zijn, vallen in bijpassende schalen met gele accenten rond het kanon. Extra bubbels leveren de speler bonuspunten op.
Bubble Shooter: Story biedt meer dan één booster. De speler kan bommen gebruiken om een aantal bubbels uit te schakelen of regenboogbubbels om bij alle bubbels te passen. Ze kunnen ook vijf extra projectielen toevoegen aan hun totale hoeveelheid. Ze kopen deze boosters met munten die ze krijgen telkens als ze een doel en een stage voltooien. De speler houdt zijn munten bij aan de linkerkant van het scherm. Ze houden ook bij of ze op koers liggen om drie sterren per level te ontvangen via een rode voortgangsbalk die zich vult op een horizontale balk met drie sterren.
