Bubble Shooter: Story to strzelanka z bąbelkami, której motywem przewodnim jest podróżnicza przygoda. Uroczy niedźwiedź brunatny jadący balonem na ogrzane powietrze zaprasza gracza do odwiedzenia ekscytujących miejsc na pływających, przypominających wyspy masach lądowych na niebie i w przestrzeni kosmicznej. Gracz podróżuje z jednego poziomu lub etapu do drugiego, wykonując określone cele związane ze strzelaniem do bąbelków zawieszonych na polu gry, takie jak odsłanianie świateł za bąbelkami, trafianie w obracające się cele i uwalnianie zwierząt w bąbelkach. Bąbelki można usuwać z pola gry tylko poprzez tworzenie grup składających się z trzech pasujących do siebie bąbelków za pomocą pocisków.
Gra oferuje wiele godzin zabawy na 75 etapach. W każdym etapie gracz wystrzeliwuje bąbelkowe pociski za pomocą srebrnoszarego metalowego działa, w którym przez cały czas znajdują się dwa wymienne pociski. Opcjonalny dopalacz w postaci przerywanej linii pomaga celować w połączone bańki, tworząc dopasowane grupy. Gdy graczowi uda się trafić w cel, bańki pękają. Wszelkie bańki połączone tylko z tymi bańkami spadają do pasujących misek z żółtymi akcentami umieszczonymi wokół armaty. Dodatkowe bąbelki zapewniają graczowi dodatkowe punkty.
Bubble Shooter: Story oferuje więcej niż jeden booster. Gracz może użyć bomb, aby usunąć niektóre bąbelki lub tęczowe bąbelki, aby dopasować je do dowolnych bąbelków. Może również dodać pięć dodatkowych pocisków do swojego całkowitego przydziału. Gracze kupują te dopalacze za monety, które otrzymują za każdym razem, gdy ukończą cel i etap. Gracz śledzi swoje monety po lewej stronie ekranu. Śledzi również, czy jest na dobrej drodze do otrzymania trzech gwiazdek na etap za pomocą czerwonego paska postępu, który wypełnia się na poziomym pasku oznaczonym trzema gwiazdkami.
