Bubble Shooter: Story es un juego de disparos de burbujas con temática de aventuras viajeras. Un adorable oso pardo montado en un globo aerostático invita al jugador a visitar emocionantes lugares en masas de tierra flotantes, similares a islas, en el cielo y el espacio exterior. El jugador viaja de un nivel, o etapa, a otro completando objetivos específicos relacionados con disparar burbujas que cuelgan de un campo de juego, como exponer luces detrás de las burbujas, golpear objetivos giratorios y liberar animales en burbujas. Sólo pueden eliminar burbujas del campo creando grupos formados por tres iguales con proyectiles.
El juego ofrece horas de diversión a lo largo de 75 fases. En cada fase, el jugador dispara proyectiles de burbujas utilizando un cañón de metal gris plateado que tiene dos proyectiles intercambiables en todo momento. Existe un potenciador de línea de puntos opcional que ayuda a apuntar a las burbujas conectadas para formar grupos emparejados. Cuando el jugador acierta a un objetivo, las burbujas estallan. Las burbujas conectadas sólo a esas burbujas caen en cuencos a juego con detalles amarillos situados alrededor del cañón. Las burbujas adicionales proporcionan al jugador puntos extra.
Bubble Shooter: Story ofrece más de un potenciador. El jugador puede usar bombas para eliminar algunas burbujas o burbujas arco iris para igualar cualquier burbuja. También pueden añadir cinco proyectiles extra a su asignación total. Los jugadores compran estos potenciadores con monedas que reciben cada vez que completan un objetivo y una fase. El jugador lleva la cuenta de sus monedas en la parte izquierda de la pantalla. También controla si está en el objetivo de recibir tres estrellas por fase mediante una barra de progreso roja que se va llenando en una barra horizontal etiquetada con tres estrellas.
