Bubble Shooter: Story är en bubbelskjutare med ett resande äventyrstema. En bedårande brunbjörn som åker luftballong bjuder in spelaren att besöka spännande platser på svävande, öliknande landmassor i himlen och yttre rymden. Spelaren reser från en nivå, eller scen, till en annan genom att slutföra specifika mål relaterade till att skjuta bubblor som hänger på en spelplan, till exempel att exponera ljus bakom bubblor, träffa roterande mål och släppa ut djur i bubblor. De kan bara ta bort bubblor från fältet genom att skapa grupper gjorda av tre matchande bubblor med projektiler.
Spelet innehåller timmar av kul i 75 steg. I varje steg skjuter spelaren bubbelprojektiler med en silvergrå metallkanon som har två utbytbara projektiler i den hela tiden. En valfri prickad linje finns för att hjälpa till att rikta in anslutna bubblor för att bilda matchade grupper. När spelaren lyckas träffa ett mål poppar bubblorna. Alla bubblor som bara är anslutna till dessa bubblor faller ner i matchande skålar med gula accenter som är placerade runt kanonen. Extra bubblor ger spelaren bonuspoäng.
Bubble Shooter
Bubble Shooter: Story erbjuder mer än en booster. Spelaren kan använda bomber för att ta ut några bubblor eller regnbågsbubblor för att matcha alla bubblor. De kan också lägga till fem extra projektiler till sin totala tilldelning. De köper dessa boosters med mynt som de får varje gång de slutför ett mål och ett steg. Spelaren spårar sina mynt på vänster sida av skärmen. De ser också om de är på väg att få tre stjärnor per steg via en röd framstegsstapel som fylls på en horisontell stapel med tre stjärnor.