Bubble Shooter: Story é um jogo de atirar bolhas que apresenta um tema de aventura itinerante. Um adorável urso castanho num balão de ar quente convida o jogador a visitar locais excitantes em ilhas flutuantes no céu e no espaço exterior. O jogador viaja de um nível, ou fase, para outro completando objectivos específicos relacionados com o disparo de bolhas penduradas num campo de jogo, tais como expor luzes atrás das bolhas, atingir alvos rotativos e libertar animais em bolhas. Só é possível remover bolhas do campo criando grupos de três bolhas iguais com projécteis.
O jogo oferece horas de diversão em 75 fases. Em cada fase, o jogador dispara projécteis de bolhas usando um canhão de metal cinzento-prateado que tem sempre dois projécteis permutáveis. Existe um impulsionador de linha pontilhada opcional para ajudar a apontar as bolhas ligadas para formar grupos combinados. Quando o jogador atinge um alvo com sucesso, as bolhas rebentam. Todas as bolhas ligadas apenas a essas bolhas caem em taças correspondentes com detalhes amarelos posicionados à volta do canhão. As bolhas extra dão ao jogador pontos de bónus.
Bubble Shooter: Story oferece mais de um reforço. O jogador pode usar bombas para eliminar algumas bolhas ou bolhas arco-íris para combinar com quaisquer bolhas. Também pode adicionar cinco projécteis extra ao seu total. Estes boosters são comprados com moedas que recebem sempre que completam um objetivo ou uma fase. O jogador controla as suas moedas no lado esquerdo do ecrã. O jogador também controla se está a cumprir o objetivo de receber três estrelas por fase através de uma barra de progresso vermelha que se enche numa barra horizontal com três estrelas.
