Just Bubbles es un bubble shooter que hace hincapié en que sus objetivos principales son "sólo burbujas". Como en otros shooters de burbujas, el jugador debe reventar burbujas para alcanzar logros que le otorgan recompensas y puntos. Dependiendo del modo de juego (es decir, Endless, Merge, Strategy o Survival), el juego también les presenta otras tareas.
Cada modo es único. El modo Sin fin permite al jugador relajarse reventando grupos de tres o más burbujas iguales sin límite de tiempo ni ningún otro requisito estresante. Con Fusión, se combinan pares de burbujas para ganar puntos. Con Estrategia, intentan reventar todas las burbujas sin utilizar muchos movimientos. Este modo penaliza al jugador cada vez que dispara sin reventar un grupo. El modo Supervivencia hace que las burbujas caigan rápidamente por el campo. El jugador recibe varios objetivos que debe completar a la vez que intenta jugar el mayor tiempo posible para conseguir una puntuación alta.
Just Bubbles ofrece varias herramientas de refuerzo para ayudar al jugador a eliminar grandes grupos y burbujas de avalancha no coincidentes del campo. Estas herramientas incluyen bombas explosivas, rayos láser ardientes, rifles de francotirador y bolas arco iris.
Si el jugador permite que las burbujas caigan al fondo del campo en cualquier momento, perderá la partida y deberá reiniciar el modo.
