Just Bubbles is een bubbelshooter die benadrukt dat de belangrijkste doelen "gewoon bubbels" zijn. Net als bij andere bubble shooters moet de speler bubbels laten knappen om prestaties te behalen die beloningen en punten opleveren. Afhankelijk van de speelstand (eindeloos, samenvoegen, strategie of overleven), krijgt de speler ook andere opdrachten.
Elke spelstand is uniek. In de stand Eindeloos kan de speler zich ontspannen door clusters van drie of meer bij elkaar horende bellen te laten knappen zonder tijdslimiet of andere stressvolle vereisten. Met Merge voeg je bellenparen samen om punten te verdienen. Met Strategie proberen ze alle bubbels te laten knappen zonder veel zetten te gebruiken. Deze spelstand bestraft de speler elke keer dat hij schiet zonder een cluster te laten knappen. In het speltype Survival vallen de bubbels snel naar beneden op het veld. De speler krijgt verschillende doelen die hij moet voltooien terwijl hij ook probeert zo lang mogelijk te spelen om een hoge score te verdienen.
Just Bubbles biedt verschillende boosterhulpmiddelen om de speler te helpen grote clusters en niet-matchende lawinebellen van het veld te verwijderen. Deze hulpmiddelen zijn onder andere explosieve bommen, brandende laserstralen, scherpschuttersgeweren en regenboogballen.
Als de speler de bubbels naar de bodem van het veld laat vallen, verliest hij het spel en moet hij het speltype opnieuw starten.
