Just Bubbles to strzelanka z bąbelkami, która podkreśla, że jej głównym celem są "tylko bąbelki". Podobnie jak w innych bubble shooterach, gracz musi zbijać bańki, aby zdobywać osiągnięcia, za które otrzymuje nagrody i punkty. W zależności od trybu gry (tj. Endless, Merge, Strategy lub Survival), gra przedstawia im również inne zadania.
Każdy tryb jest wyjątkowy. Tryb Endless pozwala graczowi zrelaksować się, wyskakując klastry trzech lub więcej pasujących bąbelków bez limitu czasu lub innych stresujących wymagań. W trybie Merge gracz łączy pary bąbelków, aby zdobywać punkty. W trybie Strategy gracz stara się zbić wszystkie bąbelki, nie wykonując przy tym zbyt wielu ruchów. Ten tryb karze gracza za każdym razem, gdy strzela bez rozbicia klastra. Tryb Survival sprawia, że bąbelki szybko spadają w dół pola. Gracz otrzymuje kilka celów, które musi wykonać, próbując jednocześnie grać jak najdłużej, aby uzyskać wysoki wynik.
Just Bubbles oferuje kilka narzędzi wspomagających, które pomagają graczowi usunąć duże skupiska i niepasujące bąbelki lawinowe z pola. Narzędzia te obejmują wybuchowe bomby, płonące wiązki laserowe, karabiny snajperskie i tęczowe kule.
Jeśli gracz pozwoli bąbelkom spaść na dno pola w dowolnym momencie, przegra grę i będzie musiał ponownie uruchomić tryb.
