O Just Bubbles é um jogo de atirar bolhas que enfatiza que os seus principais objectivos são "apenas bolhas". Tal como noutros bubble shooters, o jogador tem de rebentar bolhas para atingir objectivos que lhe concedem prémios e pontos. Dependendo do modo de jogo (ou seja, Endless, Merge, Strategy ou Survival), o jogo também apresenta outras tarefas.
Cada modo é único. O modo Infinito permite ao jogador descontrair, rebentando grupos de três ou mais bolhas iguais, sem limite de tempo ou outro requisito stressante. Com o modo Fundir, os jogadores fundem pares de bolhas para ganhar pontos. Com Estratégia, o jogador tenta rebentar todas as bolhas sem utilizar muitos movimentos. Este modo penaliza o jogador sempre que dispara sem rebentar um grupo. O modo Sobrevivência faz com que as bolhas caiam rapidamente pelo campo. O jogador recebe vários objectivos que tem de completar enquanto tenta jogar o maior tempo possível para obter uma pontuação elevada.
Just Bubbles oferece várias ferramentas de reforço para ajudar o jogador a remover grandes aglomerados e bolhas de avalanche não correspondentes do campo. Essas ferramentas incluem bombas explosivas, raios laser em chamas, rifles de precisão e bolas de arco-íris.
Se o jogador permitir que as bolhas caiam para o fundo do campo em qualquer altura, perde o jogo e tem de reiniciar o modo.
