Alien Bubbles adalah penembak gelembung yang memiliki elemen arcade. Game ini juga menampilkan dinosaurus dan beberapa gameplay yang mirip dengan Puzzle Bobble (Bust-a-Move). Kepala alien musuh dengan warna berbeda telah memutuskan untuk menyerang! Pemain harus menghabisi alien dengan berbagai senjata untuk mencegah monster-monster ini melukai dinosaurus.
Pemain menerima penembak gaya mekanis yang dibuat dengan roda gigi raksasa. Mereka juga menerima panah gaya baut berwarna. Mereka dapat beralih di antara panah berwarna kapan saja untuk menyesuaikan dengan warna kepala alien yang paling dekat. Mereka juga dapat memilih jenis senjata lain, seperti panah kristal pelangi-putih khusus yang menembakkan jalur lurus melalui kepala dengan warna apa pun dan panah bom hitam bergambar tengkorak yang melumpuhkan kepala dengan warna apa pun dalam radius ledakan. Jika mereka menggunakan jumlah panah khusus yang terbatas, mereka harus menyelesaikan misi mereka dengan panah normal yang tersisa. Meski begitu, mereka bisa mendapatkan panah tambahan dengan menonton video iklan.
Alien Bubbles tidak main-main dalam hal ancaman yang ditimbulkan oleh alien terhadap dinosaurus dan peluang pemain untuk menang. Jika kepala-kepala itu, yang meluncur ke bawah layar dengan cara yang mirip dengan permainan tembak-menembak gelembung klasik, mencapai dinosaurus, dinosaurus itu akan terbakar hingga hanya abu yang tersisa di layar. Kepala-kepala itu juga meledak, yang melenyapkan semuanya. Jika pemain menembak kepala alien dengan warna panah yang salah, semua kepala akan meluncur ke bawah layar dengan lebih cepat.
Ketika pemain menyingkirkan setiap musuh dari lapangan permainan, mereka mendapatkan poin dan akses ke tingkat kesulitan dan latar belakang baru.
