Alien Bubbles es un juego de disparar burbujas con elementos arcade. También incluye un dinosaurio y una jugabilidad similar a Puzzle Bobble (Bust-a-Move). ¡Cabezas alienígenas enemigas de diferentes colores han decidido atacar! El jugador debe eliminar a los alienígenas con varias armas para evitar que estos monstruos dañen al dinosaurio.
El jugador recibe un tirador de estilo mecánico hecho con un engranaje gigante. También reciben flechas de colores estilo cerrojo. Pueden cambiar entre flechas de colores en cualquier momento para que coincidan mejor con el color más cercano de las cabezas de los alienígenas. También pueden seleccionar otros tipos de armas, como una flecha especial de cristal blanco y arco iris que dispara una trayectoria recta a través de cabezas de cualquier color y una flecha bomba negra, marcada con una calavera, que elimina cabezas de cualquier color en un radio de explosión. Si agotan el número limitado de flechas especiales, deberán completar su misión con las flechas normales restantes. Dicho esto, pueden adquirir flechas extra viendo vídeos publicitarios.
Alien Bubbles no se anda con chiquitas cuando se trata de la amenaza que suponen los alienígenas para el dinosaurio y las posibilidades de ganar del jugador. Si las cabezas, que se deslizan por la pantalla de forma similar a los clásicos juegos de disparar burbujas, alcanzan al dinosaurio, éste arde hasta que sólo quedan cenizas en la pantalla. Las cabezas también explotan, lo que acaba con todo. Si el jugador golpea una cabeza alienígena con el color equivocado de flecha, todas las cabezas se deslizan más rápido por la pantalla.
Cuando el jugador elimina a todos los enemigos del campo de juego, gana puntos y acceso a nuevos niveles de dificultad y fondos.
