Alien Bubbles - это бабл-шутер с элементами аркады. В ней также есть динозавр и геймплей, похожий на Puzzle Bobble (Bust-a-Move). Вражеские головы инопланетян разных цветов решили атаковать! Игроку предстоит уничтожить пришельцев с помощью различных видов оружия, чтобы не дать этим монстрам навредить динозавру.
Игрок получает стрелялку в механическом стиле, сделанную из гигантской шестеренки. Также игрок получает цветные стрелы в виде болтов. Они могут в любой момент переключаться между цветными стрелами, чтобы наилучшим образом соответствовать ближайшему цвету голов пришельцев. Они также могут выбрать другие виды оружия, например специальную радужно-белую кристаллическую стрелу, которая простреливает прямой путь через головы любого цвета, и черную стрелу-бомбу с черепом, которая уничтожает головы любого цвета в радиусе взрыва. Если они израсходуют ограниченное количество специальных стрел, им придется завершить миссию, используя оставшиеся обычные стрелы. При этом они могут получить дополнительные стрелы, посмотрев рекламные ролики.
В Alien Bubbles не нужно играть, когда речь идет об угрозе, которую инопланетяне представляют для динозавра и шансов игрока на победу. Если головы, которые скользят по экрану, как в классических играх со стрельбой по пузырям, достигают динозавра, тот сгорает, пока на экране не остается только пепел. Головы также взрываются, что приводит к уничтожению всего. Если игрок попадет в голову инопланетянина стрелкой неправильного цвета, все головы полетят вниз по экрану быстрее.
Когда игрок убирает всех врагов с игрового поля, он зарабатывает очки и получает доступ к новым уровням сложности и фонам.
