Alien Bubbles est un jeu de tir à bulles qui comporte des éléments d`arcade. Il comporte également un dinosaure et un gameplay similaire à celui de Puzzle Bobble (Bust-a-Move). Des têtes d`extraterrestres ennemis de différentes couleurs ont décidé d`attaquer ! Le joueur doit éliminer les aliens à l`aide de différentes armes pour empêcher ces monstres de nuire au dinosaure.
Le joueur reçoit un tireur de style mécanique fabriqué avec un engrenage géant. Il reçoit également des flèches colorées de type bolt. Ils peuvent changer de couleur de flèche à tout moment pour correspondre au mieux à la couleur la plus proche des têtes d`extraterrestres. Il peut également sélectionner d`autres types d`armes, comme une flèche spéciale en cristal blanc et arc-en-ciel qui trace une trajectoire droite à travers les têtes de n`importe quelle couleur et une flèche noire en forme de bombe marquée d`un crâne qui détruit les têtes de n`importe quelle couleur dans un rayon d`explosion. S`ils utilisent le nombre limité de flèches spéciales, ils doivent terminer leur mission avec les flèches normales restantes. Cela dit, ils peuvent acquérir des flèches supplémentaires en regardant des vidéos publicitaires.
Alien Bubbles ne badine pas avec la menace que les extraterrestres font peser sur le dinosaure et les chances de victoire du joueur. Si les têtes, qui glissent le long de l`écran d`une manière similaire à celle des jeux de bulles classiques, atteignent le dinosaure, ce dernier brûle jusqu`à ce qu`il ne reste plus que des cendres à l`écran. Les têtes explosent également, ce qui a pour effet de tout détruire. Si le joueur frappe une tête extraterrestre avec une flèche de la mauvaise couleur, toutes les têtes glissent plus rapidement vers le bas de l`écran.
Lorsque le joueur élimine tous les ennemis du terrain de jeu, il gagne des points et accède à de nouveaux niveaux de difficulté et à de nouveaux décors.
