Alien Bubbles to bąbelkowa strzelanka z elementami zręcznościowymi. Zawiera również dinozaura i rozgrywkę podobną do Puzzle Bobble (Bust-a-Move). Wrogie głowy kosmitów w różnych kolorach postanowiły zaatakować! Gracz musi wyeliminować kosmitów za pomocą różnych broni, aby zapobiec uszkodzeniu dinozaura przez te potwory.
Gracz otrzymuje mechaniczną strzelankę wykonaną z gigantycznego koła zębatego. Otrzymuje również kolorowe strzały w stylu bolt. W dowolnym momencie może przełączać się między kolorowymi strzałami, aby jak najlepiej dopasować je do najbliższego koloru głów obcych. Można także wybrać inne rodzaje broni, takie jak specjalna tęczowo-biała kryształowa strzała, która wystrzeliwuje prostą ścieżkę przez głowy dowolnego koloru, oraz czarna, oznaczona czaszką strzała-bomba, która usuwa głowy dowolnego koloru w promieniu wybuchu. Jeśli gracz wykorzysta ograniczoną liczbę specjalnych strzał, będzie musiał ukończyć misję z pozostałymi zwykłymi strzałami. Mogą jednak zdobyć dodatkowe strzały, oglądając filmy reklamowe.
Alien Bubbles nie bawi się, jeśli chodzi o zagrożenie, jakie kosmici stanowią dla dinozaura i szansę gracza na wygraną. Jeśli głowy, które przesuwają się po ekranie w sposób podobny do klasycznych gier strzelających bąbelkami, dotrą do dinozaura, ten spłonie, aż na ekranie pozostanie tylko popiół. Głowy również eksplodują, co niszczy wszystko. Jeśli gracz trafi w głowę obcego złym kolorem strzałki, wszystkie głowy zjeżdżają z ekranu szybciej.
Kiedy gracz usunie każdego wroga z pola gry, zdobywa punkty i dostęp do nowych poziomów trudności i tła.
