Alien Bubbles ist ein Bubble Shooter mit Arcade-Elementen. Es enthält auch einen Dinosaurier und ein Spielprinzip, das dem von Puzzle Bobble (Bust-a-Move) ähnelt. Feindliche Alien-Köpfe in verschiedenen Farben haben beschlossen, anzugreifen! Der Spieler muss die Aliens mit verschiedenen Waffen eliminieren, um zu verhindern, dass diese Monster dem Dinosaurier schaden.
Der Spieler erhält einen mechanischen Shooter, der mit einem riesigen Zahnrad ausgestattet ist. Außerdem erhält er farbige Pfeile im Bolzenstil. Er kann jederzeit zwischen den farbigen Pfeilen wechseln, um die nächstgelegene Farbe der Alienköpfe zu treffen. Der Spieler kann auch andere Waffentypen auswählen, z. B. einen speziellen regenbogenfarbenen und weißen Kristallpfeil, der einen geraden Weg durch Köpfe beliebiger Farbe schießt, und einen schwarzen, mit einem Totenkopf versehenen Bombenpfeil, der Köpfe beliebiger Farbe in einem Explosionsradius ausschaltet. Wenn sie die begrenzte Anzahl an Spezialpfeilen aufgebraucht haben, müssen sie ihre Mission mit den verbleibenden normalen Pfeilen erfüllen. Allerdings können sie zusätzliche Pfeile erwerben, indem sie sich Werbevideos ansehen.
Alien Bubbles nimmt kein Blatt vor den Mund, wenn es um die Bedrohung des Dinosauriers durch die Aliens und die Gewinnchancen des Spielers geht. Erreichen die Köpfe, die ähnlich wie bei klassischen Bubble-Shooting-Spielen den Bildschirm hinunterrutschen, den Dinosaurier, verbrennt dieser, bis nur noch Asche auf dem Bildschirm zu sehen ist. Die Köpfe explodieren auch, wodurch alles zerstört wird. Trifft der Spieler einen Alienkopf mit der falschen Pfeilfarbe, rutschen alle Köpfe schneller den Bildschirm hinunter.
Wenn der Spieler alle Gegner vom Spielfeld entfernt, erhält er Punkte und Zugang zu neuen Schwierigkeitsstufen und Hintergründen.
