Alien Bubbles är en bubbelskjutare med arkadelement. Det innehåller också en dinosaurie och en del gameplay som liknar Puzzle Bobble (Bust-a-Move). Fientliga utomjordingshuvuden i olika färger har bestämt sig för att attackera! Spelaren måste eliminera utomjordingarna med olika vapen för att förhindra att dessa monster skadar dinosaurien.
Spelaren får en mekanisk skjutare tillverkad med ett gigantiskt kugghjul. De får också färgade pilar i bult-stil. De kan växla mellan färgade pilar när som helst för att bäst matcha den närmaste färgen på utomjordiska huvuden. De kan också välja andra typer av vapen, t.ex. en speciell regnbågsvit kristallpil som skjuter en rak väg genom huvuden av alla färger och en svart, dödskallemärkt bombpil som tar ut huvuden av alla färger i en sprängningsradie. Om de använder upp det begränsade antalet specialpilar måste de slutföra sitt uppdrag med de återstående normala pilarna. Som sagt, de kan skaffa extra pilar genom att titta på annonsvideor.
Alien Bubbles spelar inte runt när det gäller hotet som utomjordingarna utgör för dinosaurien och spelarens chans att vinna. Om huvudena, som glider ner på skärmen på ett sätt som liknar klassiska bubbelskjutningsspel, når dinosaurien, brinner den senare tills bara aska finns kvar på skärmen. Huvudena exploderar också, vilket tar bort allt. Om spelaren slår ett främmande huvud med fel färg på pilen, glider alla huvuden snabbare ner på skärmen.
När
När spelaren avlägsnar alla fiender från spelplanen får han poäng och tillgång till nya svårighetsgrader och bakgrunder.
