O Alien Bubbles é um jogo de tiros com bolhas que tem elementos de arcada. Também tem um dinossauro e uma jogabilidade semelhante à do Puzzle Bobble (Bust-a-Move). Cabeças alienígenas inimigas de cores diferentes decidiram atacar! O jogador deve eliminar os alienígenas com várias armas para evitar que esses monstros prejudiquem o dinossauro.
O jogador recebe um atirador de estilo mecânico feito com uma engrenagem gigante. Também recebe uma flecha colorida do tipo parafuso. Ele pode alternar entre as setas coloridas a qualquer momento para combinar com a cor mais próxima das cabeças alienígenas. Também pode selecionar outros tipos de armas, como uma seta especial de cristal branco e arco-íris que dispara um caminho reto através de cabeças de qualquer cor e uma seta bomba preta com a marca de uma caveira que elimina cabeças de qualquer cor num raio de explosão. Se esgotarem o número limitado de setas especiais, têm de completar a missão com as setas normais restantes. Dito isto, podem adquirir setas extra vendo vídeos publicitários.
Alien Bubbles não brinca em serviço quando se trata da ameaça que os alienígenas representam para o dinossauro e da hipótese de o jogador ganhar. Se as cabeças, que deslizam pelo ecrã de uma forma semelhante aos jogos clássicos de atirar bolhas, atingirem o dinossauro, este arde até ficarem apenas cinzas no ecrã. As cabeças também explodem, o que elimina tudo. Se o jogador atingir uma cabeça de alienígena com a cor errada da seta, todas as cabeças deslizam pelo ecrã mais rapidamente.
Quando o jogador elimina todos os inimigos do campo de jogo, ganha pontos e acesso a novos níveis de dificuldade e fundos.
