Alien Bubbles is een bubbelshooter met arcade-elementen. Het bevat ook een dinosaurus en wat gameplay die lijkt op Puzzle Bobble (Bust-a-Move). Vijandelijke buitenaardse hoofden van verschillende kleuren hebben besloten om aan te vallen! De speler moet de buitenaardse wezens uitschakelen met verschillende wapens om te voorkomen dat deze monsters de dinosaurus schade toebrengen.
De speler ontvangt een mechanische schutter gemaakt met een gigantisch tandwiel. Hij ontvangt ook gekleurde pijlpunten. Ze kunnen op elk moment wisselen tussen gekleurde pijlen om zo goed mogelijk overeen te komen met de kleur van de buitenaardse hoofden. Ze kunnen ook andere soorten wapens kiezen, zoals een speciale regenboog-witte kristalpijl die een recht pad schiet door hoofden van elke kleur en een zwarte, met een doodshoofd gemarkeerde bompijl die hoofden van elke kleur in een ontploffingsstraal uitschakelt. Als ze het beperkte aantal speciale pijlen hebben opgebruikt, moeten ze hun missie voltooien met de overgebleven normale pijlen. Ze kunnen echter extra pijlen krijgen door reclamevideo`s te bekijken.
Alien Bubbles draait er niet omheen als het gaat om de bedreiging die de aliens vormen voor de dinosaurus en de kans van de speler om te winnen. Als de koppen, die over het scherm naar beneden glijden op een manier die lijkt op klassieke bubbelschietspellen, de dinosaurus bereiken, verbrandt deze totdat er alleen nog as op het scherm te zien is. De koppen ontploffen ook, waardoor alles wordt weggevaagd. Als de speler een alienhoofd raakt met de verkeerde kleur pijl, glijden alle hoofden sneller naar beneden.
Als de speler elke vijand van het speelveld verwijdert, verdient hij punten en krijgt hij toegang tot nieuwe moeilijkheidsgraden en achtergronden.
